More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1292 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1292  regulatory protein TetR  100 
 
 
231 aa  472  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.413674  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1454  transcriptional regulator, TetR family  99.57 
 
 
231 aa  471  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.901974 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3562  transcriptional regulator, TetR family  92.14 
 
 
237 aa  433  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108326  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2019  transcriptional regulator, TetR family  82.78 
 
 
235 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0553  TetR family transcriptional regulator  68.08 
 
 
233 aa  309  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3728  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 
212 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3163  transcriptional regulator, TetR family  47.81 
 
 
242 aa  224  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0951  transcriptional regulator, TetR family  53.2 
 
 
242 aa  219  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3913  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
239 aa  205  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20842  normal  0.141898 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4951  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
239 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.717286  normal  0.572747 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5853  TetR family transcriptional regulator  50.84 
 
 
230 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00161572 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5643  TetR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
224 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240264  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2950  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
217 aa  175  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000171699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0522  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
219 aa  158  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4199  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
214 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.680761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0081  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672358  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0649  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.899851  normal  0.251562 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  40.79 
 
 
260 aa  55.5  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 
200 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 
200 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 
208 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
212 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 
187 aa  52.8  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0667  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
200 aa  53.1  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042492  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03459  hypothetical protein  37.5 
 
 
205 aa  52.8  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4278  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 
199 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0970  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
203 aa  52.4  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
221 aa  52.4  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  42.37 
 
 
203 aa  52  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  40.98 
 
 
346 aa  52  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2619  HTH-type luminescence regulator LitR  25.85 
 
 
201 aa  52  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
200 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  38.81 
 
 
205 aa  51.6  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
257 aa  51.6  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
231 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
202 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
202 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4972  transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 
317 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
191 aa  50.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0808  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  40.26 
 
 
230 aa  49.7  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 
213 aa  50.1  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 
200 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
205 aa  49.7  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
198 aa  49.7  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
210 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 
197 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  30.53 
 
 
251 aa  49.3  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  39.73 
 
 
212 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 
202 aa  48.9  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
228 aa  48.9  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 
209 aa  48.9  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
234 aa  48.9  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  38.98 
 
 
214 aa  48.5  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
200 aa  48.5  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
215 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0676  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0323458  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0619  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 
196 aa  48.1  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5170  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
195 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0692  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.253039  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5259  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
195 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.532008  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
201 aa  48.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0633  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 
204 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5551  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
195 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1217  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 
193 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1156  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
193 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.813518  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0982  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0971  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0971  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 
223 aa  47  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1052  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0986  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
197 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
251 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
241 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
214 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4217  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 
193 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.152492 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0077  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
183 aa  47.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.234691  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 
206 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
223 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  24.31 
 
 
192 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1137  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 
193 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0974  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
194 aa  47.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3492  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 
231 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.781193  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1076  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
206 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 
218 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
232 aa  47  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0136  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.30147  normal  0.0856805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
226 aa  47  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2823  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
178 aa  46.6  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335296  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0346  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 
196 aa  47  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
216 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
204 aa  46.2  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.645452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>