More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02720 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  100 
 
 		 211 aa  417  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 205 aa  147  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 193 aa  122  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  39.88 
 
 		 203 aa  115  6e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  36.4 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  36.32 
 
 		 221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 205 aa  107  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  44.02 
 
 		 203 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 209 aa  100  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  39.67 
 
 		 207 aa  99.4  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 221 aa  95.9  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 215 aa  92  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 224 aa  92  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 223 aa  91.7  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 226 aa  91.7  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 229 aa  87.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  34.27 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  32.43 
 
 		 214 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 195 aa  86.3  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 214 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  34.1 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 218 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  27.11 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  44.68 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  27.53 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 280 aa  55.1  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 203 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 220 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 125 aa  50.1  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2714  transcriptional regulator, TetR family  51.67 
 
 		 183 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000526113  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 288 aa  48.5  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 321 aa  48.5  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 321 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 218 aa  48.5  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 321 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 321 aa  48.5  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 200 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 288 aa  48.5  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2085  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 210 aa  48.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 237 aa  48.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.8 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2679  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569392  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.8 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1558  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  40.38 
 
 		 196 aa  47  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  32.26 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 181 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8769  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0422  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 248 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>