More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6256 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  444  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  53.3 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  56.38 
 
 		 211 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  39.55 
 
 		 214 aa  158  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  37.76 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  36.02 
 
 		 216 aa  128  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  35.75 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  37.57 
 
 		 221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 218 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 207 aa  121  9.999999999999999e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 207 aa  109  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  37.64 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 215 aa  109  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 223 aa  105  8e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 229 aa  104  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 197 aa  101  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 195 aa  97.1  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 202 aa  97.1  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 193 aa  95.5  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 196 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 196 aa  91.3  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 208 aa  90.1  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 269 aa  89.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 189 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  34.27 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 203 aa  85.5  6e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 214 aa  84.7  9e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 346 aa  62.4  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 242 aa  62  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 200 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  45.83 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  31.39 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2134  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.269562  normal  0.11419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1173  regulatory protein, TetR  47.17 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.959952 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 125 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0081  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  25.38 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 186 aa  52.4  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 224 aa  52  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 213 aa  52  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 203 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 195 aa  52  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 213 aa  52  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  47.37 
 
 		 201 aa  52  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 206 aa  52  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2475  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 222 aa  51.6  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.260568  hitchhiker  0.0024636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 213 aa  52  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 228 aa  52  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  46.03 
 
 		 213 aa  52  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2619  HTH-type luminescence regulator LitR  24 
 
 		 201 aa  51.6  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 216 aa  51.6  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  37.29 
 
 		 201 aa  51.6  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  38.81 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>