More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3705 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  35.12 
 
 		 202 aa  109  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 204 aa  95.1  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  36.67 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  36.67 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 199 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3334  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2016  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0982631  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 223 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 256 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 212 aa  52.8  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 231 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  41.18 
 
 		 252 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.13 
 
 		 212 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  21.39 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 218 aa  52.4  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  23.56 
 
 		 198 aa  52.4  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4217  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.152492 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 241 aa  52.4  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 218 aa  52  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  38.33 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 215 aa  51.6  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  34.92 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 260 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 193 aa  52  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  34.92 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0464  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 215 aa  51.6  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  34.92 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2188  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.106219  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 219 aa  51.6  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 227 aa  51.6  0.000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 227 aa  51.6  0.000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  37.29 
 
 		 219 aa  51.6  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  51.2  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  34.92 
 
 		 212 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 204 aa  51.6  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  32.43 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  29.69 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 221 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2346  hypothetical protein  24.34 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  46.43 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  39.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  32.43 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  36.67 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 238 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  49.3  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>