More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1344 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
205 aa  419  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  58.38 
 
 
193 aa  226  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  56.76 
 
 
191 aa  204  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  55.68 
 
 
195 aa  204  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  55.68 
 
 
194 aa  204  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 
188 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
187 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
187 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
187 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
187 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 
216 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 
196 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
187 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
197 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  34.5 
 
 
189 aa  112  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
188 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
188 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
188 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
198 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 
189 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  34.1 
 
 
186 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
193 aa  105  5e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  34.76 
 
 
179 aa  105  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  32.4 
 
 
186 aa  104  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 
193 aa  104  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 
193 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 
196 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
188 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
188 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
198 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
190 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
192 aa  101  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 
185 aa  101  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
188 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
188 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
181 aa  100  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
201 aa  98.2  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
195 aa  97.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
192 aa  95.5  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
600 aa  95.5  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
188 aa  95.1  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.53 
 
 
201 aa  93.2  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  28.81 
 
 
176 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
187 aa  92.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
211 aa  91.3  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  31.14 
 
 
187 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
196 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
195 aa  88.2  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
196 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
191 aa  85.5  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  32.6 
 
 
167 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
199 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
199 aa  79  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
199 aa  79  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
199 aa  79  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
199 aa  79  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  27.6 
 
 
198 aa  76.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
199 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
199 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  25.27 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  29.41 
 
 
209 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 
209 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
215 aa  70.9  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  20.99 
 
 
195 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  28.21 
 
 
195 aa  68.2  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
210 aa  67.8  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
193 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  29.5 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
186 aa  67  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  28.26 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
199 aa  66.2  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
199 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
206 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
196 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  26.8 
 
 
196 aa  63.2  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
196 aa  63.2  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 
189 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
247 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
206 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.472754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>