More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1560 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 221 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  46.39 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  31.93 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1141  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.412477  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1621  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1597  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.703325  normal  0.531377 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4766  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 241 aa  62  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 218 aa  62  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  29.9 
 
 		 239 aa  62  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 228 aa  62  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1542  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0960  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.462033  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1519  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1567  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.246189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1668  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 255 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  51.06 
 
 		 326 aa  57  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0856  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.257581  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1617  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223446  normal  0.0770376 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3236  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0469246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 269 aa  57  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2575  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.230257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3194  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0897  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2970  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  56.52 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0955  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  38.27 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  26.32 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2734  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3212  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3905  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2129  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3228  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00722998  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 247 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 307 aa  55.1  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2718  transcriptional regulator, TetR family domain protein  40.32 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.087281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  37.18 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2926  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>