More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6560 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 203 aa  402  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0589  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 191 aa  85.9  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8152  putative transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 174 aa  76.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.687421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  36.42 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 190 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  48.05 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 190 aa  71.6  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  48.53 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0620  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0633  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0611  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0973  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  56.6 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  54.72 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.1 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  56.6 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  44.87 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3004  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.519568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  35.96 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  50 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.97 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.73 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  41.25 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27950  transcriptional regulator  41.33 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00827834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  40.24 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2776  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.556184  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 228 aa  62  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1056  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0248365  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  40.7 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 218 aa  61.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  54.39 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1976  putative transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23110  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>