More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0659 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 196 aa  407  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 197 aa  242  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 189 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  40.33 
 
 		 205 aa  137  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3574  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 194 aa  105  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2047  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 188 aa  101  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.199455 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 202 aa  71.2  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 600 aa  70.9  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  44.32 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.05 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 202 aa  67.8  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.05 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 217 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.77 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 256 aa  62  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.91 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  24.08 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4138  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0620  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0633  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0611  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.64 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  21.99 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8904  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125651  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  23.43 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 280 aa  58.2  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8534  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3634  regulatory protein, TetR  26.01 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.247606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 211 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  47.06 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>