More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0684 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  65.38 
 
 		 210 aa  278  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  55.09 
 
 		 226 aa  224  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  56.08 
 
 		 229 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 260 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 199 aa  185  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 199 aa  173  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  40.89 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 211 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 211 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  41.45 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 201 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 201 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 201 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 204 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  33.85 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 202 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 207 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 207 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 202 aa  111  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 210 aa  97.4  1e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  28.24 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 241 aa  71.2  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  29.88 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 287 aa  68.6  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17960  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 246 aa  68.2  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 189 aa  64.7  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  21.89 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.39 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  41.77 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 183 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.39 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.39 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>