More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4331 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  437  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1770  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 203 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2179  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277045 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2672  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2043  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 218 aa  62  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1348  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 218 aa  62  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.593778  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  32.69 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0566  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  38.27 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  43.21 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2597  putative transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.607466 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 251 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  38.55 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  43.59 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0961  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0829  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  30.88 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0857  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.999415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5345  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.745934  normal  0.0675507 
 
 
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NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 257 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
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NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 230 aa  54.3  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
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NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  44.26 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_014210  Ndas_1272  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 176 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.388296  normal  1 
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_2762  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
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NC_009675  Anae109_2980  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
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NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  38.24 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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