More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1129 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  477  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  73.49 
 
 		 235 aa  353  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  66.07 
 
 		 225 aa  317  9e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 233 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  68.29 
 
 		 221 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 220 aa  299  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  60.37 
 
 		 232 aa  288  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  57.76 
 
 		 242 aa  275  4e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 226 aa  246  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  50.24 
 
 		 264 aa  215  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  46.12 
 
 		 255 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 273 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  43 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  43.52 
 
 		 215 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 209 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 209 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 210 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  33.16 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 207 aa  99  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 206 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 228 aa  98.6  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  31.34 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 243 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 218 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 211 aa  93.2  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 211 aa  92  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  34.93 
 
 		 217 aa  91.7  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 204 aa  91.7  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  32.69 
 
 		 206 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 203 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.57 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 217 aa  67  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  45.71 
 
 		 251 aa  65.1  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  30.72 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 199 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 218 aa  62  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  28.77 
 
 		 204 aa  62  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  29.5 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.09 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 217 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>