More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1512 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 246 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  33.99 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 244 aa  139  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  33.66 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  40.79 
 
 		 280 aa  62  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3673  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  27.22 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  36.54 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 218 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  37.97 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  35.9 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3054  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108952 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5316  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 196 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0477  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  26.71 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0757  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 210 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0106421  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 226 aa  53.5  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 222 aa  53.5  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 346 aa  53.5  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 198 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 198 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  32.53 
 
 		 208 aa  53.9  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3860  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 236 aa  53.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195527  normal  0.716599 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3548  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 224 aa  53.1  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0228014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 192 aa  52.8  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 214 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3567  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 214 aa  52.4  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 218 aa  52.4  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 242 aa  52.4  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 219 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 204 aa  52.4  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  37.88 
 
 		 207 aa  52.4  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 200 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 207 aa  52.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 209 aa  52.4  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.9 
 
 		 216 aa  52  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1656  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 189 aa  51.2  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>