More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1417 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  547  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  99.22 
 
 		 276 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  92.67 
 
 		 273 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  92.28 
 
 		 272 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 273 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 273 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 273 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 317 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  91.3 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  77.68 
 
 		 295 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  73.68 
 
 		 288 aa  367  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  73.33 
 
 		 290 aa  354  7.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  62.15 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  61.21 
 
 		 352 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  61.24 
 
 		 340 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 335 aa  255  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 238 aa  185  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  45.67 
 
 		 227 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 213 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 215 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 212 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 212 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  41.41 
 
 		 212 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 212 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  45.51 
 
 		 222 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  41.41 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  45.51 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  45.51 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  37.44 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 215 aa  131  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  36.32 
 
 		 207 aa  129  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 211 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  40.59 
 
 		 213 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  43.2 
 
 		 205 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 224 aa  122  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  42.6 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  42.01 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  35.21 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  41.52 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  34.63 
 
 		 208 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 235 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 235 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 235 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  39.55 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  38.98 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 221 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  39.75 
 
 		 209 aa  92  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 210 aa  92  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 223 aa  92  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 220 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 227 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 233 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  33.81 
 
 		 221 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 240 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 242 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 224 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  30.89 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  36.88 
 
 		 224 aa  72  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  34.18 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  32.9 
 
 		 216 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  50.82 
 
 		 263 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>