More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4006 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 202 aa  412  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 212 aa  191  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  42.16 
 
 		 200 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 213 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  30.56 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  46.05 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1944  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00538978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 201 aa  62  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 278 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 277 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0411  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.3269  hitchhiker  0.00212654 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  49.09 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2735  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  46.27 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  36.56 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  27.59 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8610  putative transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 		 317 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 218 aa  58.2  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  43.94 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2710  transcriptional regulator, TetR family  44.16 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.448517  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1062  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0959794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3730  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 246 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  50.91 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5773  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  34.74 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2437  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000237388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30200  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296423  normal  0.124528 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  47.17 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11037  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.102388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4577  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.957651 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>