More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3277 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  550  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  96.73 
 
 		 275 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 277 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  73.38 
 
 		 278 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  73.38 
 
 		 278 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  73.38 
 
 		 278 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  80 
 
 		 283 aa  360  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 233 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 		 225 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 236 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 236 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 232 aa  99  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 224 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 224 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 224 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 224 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.05 
 
 		 224 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.19 
 
 		 223 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.72 
 
 		 223 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 234 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 235 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  31.28 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 227 aa  72  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  28.87 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  26.64 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  26.64 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  30.43 
 
 		 224 aa  65.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 258 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  45.76 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 497 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  37.27 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  47.46 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 332 aa  59.3  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 200 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  35.71 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 244 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0136  transcriptional regulator, TetR family  45.71 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.30147  normal  0.0856805 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  33.67 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 		 225 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  46.43 
 
 		 211 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 199 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.6 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>