More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2902 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 253 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  62.61 
 
 		 250 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  63.64 
 
 		 249 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 258 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 233 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.86 
 
 		 225 aa  95.5  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.21 
 
 		 232 aa  95.5  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 235 aa  92.8  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.1 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.1 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  89.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 234 aa  88.6  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  30.85 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  36.8 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  49.21 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 213 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1141  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.864063  hitchhiker  0.000033846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 213 aa  58.5  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 238 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 220 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 199 aa  55.1  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 214 aa  55.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 203 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 222 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 217 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 206 aa  53.1  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 207 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 232 aa  52.8  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 216 aa  52.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  35.82 
 
 		 208 aa  52.8  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 183 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2410  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 214 aa  52.8  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 210 aa  52.8  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  28.57 
 
 		 233 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  52.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  31.03 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 220 aa  52.4  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 195 aa  52.4  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 215 aa  52.4  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 242 aa  52.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 204 aa  52.4  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.54 
 
 		 211 aa  52.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 191 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>