More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2737 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
220 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2824  TetR family transcriptional regulator  56.82 
 
 
226 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  51.96 
 
 
245 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
207 aa  168  6e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 
194 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
196 aa  75.5  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
215 aa  73.2  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  31.44 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
205 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  26.67 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
367 aa  65.1  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 
197 aa  64.7  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  28.11 
 
 
287 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  28.86 
 
 
510 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
215 aa  63.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
213 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
209 aa  63.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 
200 aa  62.4  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  27.12 
 
 
203 aa  62.4  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
203 aa  62  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
196 aa  62  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
201 aa  60.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 
185 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1694  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 
219 aa  60.5  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0960426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
219 aa  59.7  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  28.25 
 
 
203 aa  60.1  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  26.59 
 
 
196 aa  59.3  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
198 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
198 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
219 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
189 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
291 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 
190 aa  58.5  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 
189 aa  58.5  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
217 aa  58.2  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 
187 aa  57.8  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 
194 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 
212 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
220 aa  57  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 
247 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5570  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0336  transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.510139 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.08 
 
 
213 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1074  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
184 aa  57  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
203 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 
255 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
208 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
203 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  26.14 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
203 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 
205 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
211 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
197 aa  56.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  25.13 
 
 
222 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
232 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
238 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
198 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
206 aa  56.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0312  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 
206 aa  56.2  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000380117  normal  0.28635 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5798  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 
188 aa  55.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.03173  normal  0.214913 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0130  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
197 aa  55.8  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.943831  normal  0.482465 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 
193 aa  55.8  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 
184 aa  55.8  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22560  transcriptional regulator, tetR family  30.91 
 
 
208 aa  55.8  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0880115  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4996  transcriptional regulator  29.41 
 
 
197 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
245 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
193 aa  55.5  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
190 aa  55.5  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4438  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 
477 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.829211  normal  0.875845 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 
205 aa  55.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4328  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 
477 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0701267  normal  0.0216349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
210 aa  55.1  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
230 aa  55.5  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6862  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
224 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000147849  normal  0.19991 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  23.47 
 
 
196 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.09 
 
 
227 aa  55.5  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 
193 aa  55.1  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
207 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.62 
 
 
216 aa  55.1  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 
207 aa  55.1  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
231 aa  55.1  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 
204 aa  55.1  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 
240 aa  55.1  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 
200 aa  55.1  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  30.19 
 
 
253 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
242 aa  55.1  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 
226 aa  55.1  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1950  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663338  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
185 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 
221 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>