More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1647 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
197 aa  378  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0961  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0186381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  31.58 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
199 aa  75.1  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  33.16 
 
 
194 aa  73.2  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6767  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 
177 aa  69.7  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1071  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0689162  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
220 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 
194 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1704  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
285 aa  67.4  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0517004  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5475  transcriptional regulator, TetR family  47.52 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 
215 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  35.9 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
199 aa  65.5  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2809  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00640157  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 
367 aa  65.1  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4168  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
244 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0511823  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 
205 aa  63.2  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 
199 aa  62  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
199 aa  61.2  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  24.75 
 
 
199 aa  61.2  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
218 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6862  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 
224 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000147849  normal  0.19991 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
192 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 
196 aa  60.1  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 
199 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 
192 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4623  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
213 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.317667  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5183  putative transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 
212 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 
190 aa  59.3  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  29.59 
 
 
199 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0450  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 
349 aa  58.2  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0035112 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1139  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
220 aa  57.8  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  31.07 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8695  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 
203 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5790  hypothetical protein  30.61 
 
 
207 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.0606988 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  29.89 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3451  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5300  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
208 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104655  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1492  putative transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 
216 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 
195 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
202 aa  56.6  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
207 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  33.33 
 
 
205 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  27.42 
 
 
195 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  27.72 
 
 
197 aa  55.8  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
198 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5235  transcriptional regulator  34.15 
 
 
207 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2399  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
190 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
196 aa  55.5  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2446  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
190 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.401008 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2440  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
190 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
178 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  30.57 
 
 
211 aa  55.1  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
228 aa  55.1  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
237 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
208 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  28.57 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 
212 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
193 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7124  transcriptional regulator  31.79 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
201 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
205 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
276 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  29.85 
 
 
196 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
272 aa  53.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
208 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
273 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 
223 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0959  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
225 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
196 aa  53.1  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 
221 aa  53.5  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
272 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2126  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 
204 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
186 aa  53.9  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 
246 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
214 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  27.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  31.72 
 
 
202 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
227 aa  53.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
257 aa  53.1  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
273 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  29.12 
 
 
194 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 
201 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  27.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
201 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
181 aa  52.8  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  31.72 
 
 
202 aa  52.8  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 
189 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  29.12 
 
 
194 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>