More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0435 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 216 aa  99  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 216 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 214 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  31.68 
 
 		 196 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  28.24 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  31.5 
 
 		 195 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  32.32 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  28.43 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  28.74 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  26.55 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  28.07 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  26.04 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  30.85 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  26.04 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  26.04 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  26.32 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  26.18 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  31.03 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  31.03 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  31.03 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  27.47 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  27.47 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  25.44 
 
 		 201 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  32.57 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  26.5 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  24.38 
 
 		 196 aa  72  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  25.5 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  25.51 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  28 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  26.29 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  24.17 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  26.56 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  25.26 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  29.17 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  29.17 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  27.78 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  24.74 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  28.95 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  24.59 
 
 		 197 aa  62  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  23.59 
 
 		 367 aa  61.6  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  27.33 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 677 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  28.45 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22560  transcriptional regulator, tetR family  38.96 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0880115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  26.52 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  29.91 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  27.88 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  29.19 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4996  transcriptional regulator  25.48 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  27.88 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0511  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 194 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  24.02 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 180 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  27.06 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2067  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 213 aa  52.4  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.855193  normal  0.580158 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  24.26 
 
 		 194 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>