More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2175 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  98.13 
 
 		 214 aa  430  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  97.66 
 
 		 214 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  75.96 
 
 		 215 aa  313  9e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 215 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 197 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 212 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 201 aa  124  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  30.16 
 
 		 199 aa  99.8  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 213 aa  97.8  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  31.09 
 
 		 194 aa  95.5  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 195 aa  95.5  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  29.23 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  31.25 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  30.65 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  29.23 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  30.77 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  29.59 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  28.12 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  30.3 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  30.15 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  29.44 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  30.15 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  30.41 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  29.14 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  29.38 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  29.38 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  29.41 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  30.54 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  29.59 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 677 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  26.13 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  26.13 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  27.89 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  29.59 
 
 		 201 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  29.38 
 
 		 196 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  26.13 
 
 		 194 aa  72  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  29.59 
 
 		 201 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  27.14 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  27.14 
 
 		 194 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  27.14 
 
 		 194 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  27.14 
 
 		 194 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  29.08 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  29.82 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  28.49 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  29.82 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  29.82 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  28.49 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  27.64 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  30.16 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  28.57 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  28.49 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 202 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  27.69 
 
 		 201 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  28.49 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 202 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  25.76 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  27.23 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  29.94 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  27.65 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  26.34 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  27.18 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  27.41 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 		 367 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  27.18 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  25.81 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  30.06 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0130  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.943831  normal  0.482465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  27.46 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  27.46 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  25.81 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  25.74 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  19.8 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>