More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1885 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 196 aa  401  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 		 194 aa  143  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  39 
 
 		 196 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  37.37 
 
 		 194 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  37.37 
 
 		 194 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 202 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 202 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 202 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  36.32 
 
 		 194 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  36.73 
 
 		 196 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  36.84 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  37.57 
 
 		 201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  37.57 
 
 		 201 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  37.89 
 
 		 195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  36.92 
 
 		 197 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  36.92 
 
 		 197 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  37.89 
 
 		 195 aa  128  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  33.71 
 
 		 198 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  35.84 
 
 		 201 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  38.29 
 
 		 201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  34.92 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  37.57 
 
 		 202 aa  125  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  35.9 
 
 		 197 aa  123  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  36.13 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  32.8 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  36.9 
 
 		 196 aa  120  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  38.82 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  33.85 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  34.39 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  35.56 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  36.42 
 
 		 201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  36.07 
 
 		 195 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  117  7e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  118  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  38.1 
 
 		 197 aa  118  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  36.07 
 
 		 195 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  118  7e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  38.1 
 
 		 197 aa  118  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  35.84 
 
 		 201 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  35.84 
 
 		 201 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  32.42 
 
 		 194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  35.26 
 
 		 201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  35.08 
 
 		 218 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  35.08 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  34.52 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  32.18 
 
 		 196 aa  109  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  34.27 
 
 		 201 aa  104  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  34.27 
 
 		 198 aa  104  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  32.09 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  34.71 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  34.73 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 677 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  31.98 
 
 		 201 aa  98.2  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  37.21 
 
 		 189 aa  96.7  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  31.46 
 
 		 202 aa  95.9  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  32.39 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  33.71 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  32.39 
 
 		 194 aa  86.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 		 194 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 202 aa  85.1  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  31.45 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 217 aa  64.7  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  39.77 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1747  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 106 aa  54.3  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1806  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.382485 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>