More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1703 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  77.14 
 
 		 233 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  77.14 
 
 		 233 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  75.24 
 
 		 232 aa  153  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 233 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 233 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  74.29 
 
 		 233 aa  150  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 233 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  66.98 
 
 		 232 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  52.44 
 
 		 235 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  68 
 
 		 213 aa  84.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  55.88 
 
 		 218 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 217 aa  72  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 218 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  42.68 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  45.07 
 
 		 213 aa  57.4  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  43.64 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  37.68 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 212 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 211 aa  54.3  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 196 aa  54.3  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  33.33 
 
 		 219 aa  53.9  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 190 aa  53.5  0.0000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  42.37 
 
 		 208 aa  53.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 212 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 247 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.46 
 
 		 232 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 352 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 189 aa  52  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 275 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 354 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 229 aa  50.8  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 		 213 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 206 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 275 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  34.72 
 
 		 340 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  46.43 
 
 		 215 aa  50.1  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 219 aa  49.7  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 200 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 220 aa  50.1  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 205 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 212 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 202 aa  49.7  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 244 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 244 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 205 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 295 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 250 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3370  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 228 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0063882  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3662  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 290 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 194 aa  48.1  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 207 aa  48.9  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 227 aa  48.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 193 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 220 aa  48.9  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 239 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  37.7 
 
 		 239 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  40.32 
 
 		 227 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 215 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 195 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2564  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 214 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.454515 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 242 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 233 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 194 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 228 aa  47.8  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 212 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 212 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 288 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 211 aa  47.8  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 216 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>