187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1151 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 182 aa  361  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  72.53 
 
 		 202 aa  264  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  73.26 
 
 		 208 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  73.26 
 
 		 211 aa  248  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  57.56 
 
 		 194 aa  192  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  55.81 
 
 		 201 aa  187  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  55.23 
 
 		 198 aa  186  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  50.3 
 
 		 190 aa  148  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  50.33 
 
 		 194 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  50.33 
 
 		 194 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  48.34 
 
 		 194 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  48.3 
 
 		 189 aa  131  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 202 aa  124  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  37.35 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 195 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  35.63 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  35.06 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  33.53 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  33.53 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 194 aa  100  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  34.12 
 
 		 194 aa  100  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  34.68 
 
 		 194 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  34.68 
 
 		 194 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  34.68 
 
 		 194 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  34.71 
 
 		 195 aa  97.1  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  35.06 
 
 		 197 aa  94  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  37.58 
 
 		 201 aa  92.8  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  35.29 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  31.43 
 
 		 198 aa  91.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 		 198 aa  91.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  30.86 
 
 		 180 aa  90.9  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  35.93 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  89.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  35.57 
 
 		 201 aa  89  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  32.76 
 
 		 195 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 		 677 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  36.24 
 
 		 201 aa  87  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  32.18 
 
 		 195 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  32.18 
 
 		 195 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  34.01 
 
 		 196 aa  84.7  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  31.21 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 201 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  30.86 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  32.03 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  31.61 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  31.36 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  29.89 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  33.55 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  30.46 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  31.21 
 
 		 196 aa  77.4  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  31.07 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  32.89 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  31.07 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  30.51 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 212 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  29.94 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  33.71 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  33.71 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  31.18 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  28.98 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  32.45 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5271  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.869889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 216 aa  50.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 216 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 201 aa  49.3  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  28.47 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 197 aa  48.9  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1498  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 183 aa  48.5  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.548232  normal  0.295378 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 216 aa  48.5  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 202 aa  48.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 204 aa  47.8  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 197 aa  47.8  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  36.78 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 212 aa  47  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>