More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1457 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  100 
 
 		 195 aa  401  1e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 195 aa  397  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  94.05 
 
 		 191 aa  363  1e-99  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_126  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 216 aa  99.8  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0252  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 212 aa  93.6  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3280  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 206 aa  92  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0233273  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3605  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 197 aa  88.2  8e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.02462e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3654  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 197 aa  87.8  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.786622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3389  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 241 aa  86.3  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3352  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 241 aa  86.3  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000543998  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3301  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 241 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00420506  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0117  transcriptional regulator, putative  26.47 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1614  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0287431  hitchhiker  0.0000000422838 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3703  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00019277  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3621  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265617  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3612  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000248131  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0048  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.567857  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  30.12 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 194 aa  62  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0855  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179371  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0679  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.192454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0686  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.863349  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13530  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00114254  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0699  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.682068  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  23.49 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2329  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143879 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  31.67 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  34.65 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  44.83 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1764  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0265729  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  26.92 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  35.48 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
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NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_0611  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  27.22 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
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NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  28.35 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
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NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
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NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_0059  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.227701 
 
 
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NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 226 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
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