More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0611 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0611  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 203 aa  421  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 202 aa  155  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5507  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 219 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2516  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01975  hypothetical protein  30.3 
 
 		 204 aa  104  7e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2174  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 206 aa  85.9  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 218 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1265  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3313  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.212765  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10053  putative TetR transcriptional regulator  23.44 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.205087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  25.74 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3326  transcriptional regulator, TetR family  21.28 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3324  transcriptional regulator, TetR family  21.28 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3108  TetR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3354  TetR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2450  TetR family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.32 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2329  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1436  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.940915  normal  0.193535 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3094  TetR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.432559  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  30.67 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  53.06 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 213 aa  52  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 243 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 217 aa  51.6  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  39.73 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  45.28 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  36.84 
 
 		 221 aa  50.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 248 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  45.65 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  20.97 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 207 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 207 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  25.42 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  41.3 
 
 		 200 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1971  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 227 aa  48.9  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4067  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 191 aa  48.5  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200915  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 238 aa  48.5  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 200 aa  48.5  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2627  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 186 aa  48.5  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  25.66 
 
 		 197 aa  48.9  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 197 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 191 aa  48.5  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4231  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 191 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36 
 
 		 213 aa  48.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 197 aa  48.1  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 227 aa  48.1  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 216 aa  48.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4114  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3955  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.915843  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4434  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4166  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 205 aa  47.4  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>