More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3428 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 223 aa  464  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5507  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 219 aa  201  7e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2516  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 204 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 202 aa  150  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0611  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01975  hypothetical protein  31.94 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1265  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2174  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10053  putative TetR transcriptional regulator  28.22 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.205087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1436  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.940915  normal  0.193535 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  23.87 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 191 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1327  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  25.35 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2450  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3360  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.372466  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5327  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  45.1 
 
 		 198 aa  53.5  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  35.29 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 223 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 196 aa  53.1  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2903  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.281452  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 238 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3664  regulatory protein, TetR  40.51 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 255 aa  52.4  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3569  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.773564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  29.66 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 247 aa  52.4  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 228 aa  52  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 233 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 206 aa  52  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 200 aa  52  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 211 aa  52  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 201 aa  51.6  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  27.14 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0686  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.863349  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 257 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  36.07 
 
 		 221 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0699  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.682068  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0855  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179371  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 187 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0679  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.192454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  32.14 
 
 		 201 aa  50.1  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 257 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  24.38 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  23.57 
 
 		 202 aa  49.7  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 230 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 200 aa  49.7  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0059  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 197 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  22.08 
 
 		 195 aa  49.3  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>