More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3569 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3569  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  440  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.773564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2299  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.633617  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0306  transcriptional regulator, TetR family  47.78 
 
 		 186 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5286  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 196 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5107  TetR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.346129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 200 aa  116  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 197 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 207 aa  111  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03014  putative transcription regulator protein  35.12 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 206 aa  104  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0472  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3967  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0630357 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 207 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3853  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.26442  normal  0.765649 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 207 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 206 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1327  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 204 aa  99.4  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 189 aa  97.8  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3614  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 218 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 209 aa  96.3  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 206 aa  95.5  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 190 aa  94  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 197 aa  92.8  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 192 aa  92.4  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 194 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 192 aa  92  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 203 aa  92  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 176 aa  91.3  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 191 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 		 189 aa  90.1  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 198 aa  89.4  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 194 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 206 aa  88.2  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 188 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 183 aa  88.2  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4828  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 207 aa  88.2  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 189 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 179 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 189 aa  87  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 257 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 197 aa  85.9  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 202 aa  85.1  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 187 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5796  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0048122 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  35.46 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  32.62 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  36.42 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 187 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6699  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.678516  normal  0.427356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 196 aa  80.1  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 186 aa  78.6  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 189 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
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NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 195 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
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NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  31.55 
 
 		 185 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 175 aa  77  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
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NC_009077  Mjls_5634  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.405857 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  32.6 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
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