More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_10053 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_10053  putative TetR transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  387  1e-107  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.205087  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01975  hypothetical protein  28.95 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5507  transcriptional regulator, TetR family  23.47 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2516  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 204 aa  67  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2450  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 213 aa  61.2  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0611  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2174  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1265  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  24.61 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  24.14 
 
 		 191 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1436  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 206 aa  52  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.940915  normal  0.193535 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 236 aa  51.6  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 194 aa  52  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3313  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.212765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3108  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3326  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3354  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3094  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.432559  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  49.3  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 193 aa  48.9  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  27.27 
 
 		 251 aa  48.5  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  23.94 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 194 aa  48.5  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  27.1 
 
 		 196 aa  48.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3324  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 185 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  27.1 
 
 		 210 aa  47.8  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  21.3 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  27.59 
 
 		 215 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  21.51 
 
 		 259 aa  47  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6095  regulatory protein, TetR  30.68 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584059  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 201 aa  46.6  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 229 aa  46.6  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 220 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4373  transcriptional regulator, TetR family  25.33 
 
 		 229 aa  46.6  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.335963  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0133  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 335 aa  46.6  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 217 aa  46.2  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 270 aa  46.2  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  21.88 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 241 aa  45.8  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  20.23 
 
 		 254 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 229 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0153  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 238 aa  45.8  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 191 aa  45.4  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 230 aa  45.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  36.51 
 
 		 212 aa  45.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0746  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  29.85 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 324 aa  45.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0760  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.650224  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3699  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.158617  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0740  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156291  normal  0.856133 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  32.26 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0893  transcriptional regulator, TetR family  22.92 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.17617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 192 aa  45.1  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1789  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  45.4  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.484582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>