More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4171 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  410  1e-114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  87.24 
 
 		 202 aa  355  1.9999999999999998e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 235 aa  127  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 212 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3699  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.158617  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0153  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6095  regulatory protein, TetR  24.34 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584059  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  27.53 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1789  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.484582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  35.79 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  26.98 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  23.86 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 198 aa  62  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 226 aa  62  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 388 aa  61.6  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 245 aa  61.6  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1327  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  31.4 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0411  transcriptional regulator, TetR family  55.1 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.3269  hitchhiker  0.00212654 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  21.43 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5887  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825874 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  28.26 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  26.2 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  30.29 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 307 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>