More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3865 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 205 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  45.27 
 
 		 204 aa  191  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 212 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 202 aa  129  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 211 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 217 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 217 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 202 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 195 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 203 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 203 aa  118  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 204 aa  115  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  34.55 
 
 		 200 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  33 
 
 		 204 aa  111  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 208 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
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NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 208 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  27.84 
 
 		 198 aa  94.7  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 217 aa  87.8  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
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NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  28.76 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  28.76 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  28.95 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  28 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.92 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  28.87 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  23.96 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  24.65 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 257 aa  58.2  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  27.34 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.18 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  29.33 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  33.87 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  25.76 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  23.38 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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