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for query gene PSPTO_3549 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  100 
 
 		 200 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  90.4 
 
 		 204 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  58.88 
 
 		 202 aa  241  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  58.29 
 
 		 217 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 217 aa  228  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 217 aa  227  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 217 aa  227  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  56 
 
 		 211 aa  227  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  58.97 
 
 		 204 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  56.35 
 
 		 203 aa  219  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  57.95 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 210 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 195 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 212 aa  204  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 207 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 208 aa  191  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 202 aa  143  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 202 aa  128  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  32.14 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 203 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  34.55 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 203 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 203 aa  111  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 202 aa  95.5  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 198 aa  89  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.24 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.22 
 
 		 205 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2963  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.412295 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2948  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2992  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.385096  normal  0.373192 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  29.13 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.07 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  29.07 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  26.79 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.04 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  29.07 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  29.07 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  31.12 
 
 		 234 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 212 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  29.34 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 220 aa  61.2  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  28.49 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008254  Meso_2454  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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