More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0736 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 203 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 210 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 203 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 203 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.84 
 
 		 203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 202 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  104  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  104  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 203 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 202 aa  99  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  29.8 
 
 		 204 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  94.4  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  28.93 
 
 		 198 aa  91.3  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  29.29 
 
 		 200 aa  89  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 202 aa  88.2  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 218 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  26.9 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 257 aa  78.2  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 212 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 207 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 213 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3329  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000330103  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.86 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  25.89 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  25 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  34.19 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  37.07 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  29.44 
 
 		 219 aa  62  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 251 aa  61.2  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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