More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0792 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  440  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  38.69 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 210 aa  127  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  35.18 
 
 		 203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 201 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 211 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 217 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 217 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 195 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 202 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 204 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 203 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 203 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 204 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  34.94 
 
 		 200 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 202 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 203 aa  101  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 203 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  33.73 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  31.14 
 
 		 198 aa  86.3  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 209 aa  85.5  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 202 aa  84.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  36.44 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  44.87 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  53.45 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  31.37 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 236 aa  58.2  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  28.19 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  35.97 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.32 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  27.12 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  42.86 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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