More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1571 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  430  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  73.87 
 
 		 210 aa  317  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 203 aa  305  3e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 205 aa  294  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  61.65 
 
 		 206 aa  274  8e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  64.65 
 
 		 209 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  60.3 
 
 		 226 aa  260  8e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 216 aa  260  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  64.65 
 
 		 208 aa  256  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 216 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 188 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 216 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 206 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  61.42 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  43.88 
 
 		 224 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 213 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 213 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.49 
 
 		 212 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 257 aa  98.6  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 217 aa  95.5  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 237 aa  93.2  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 244 aa  90.1  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.36 
 
 		 205 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 208 aa  87.4  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 215 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 220 aa  85.5  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 234 aa  85.1  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.14 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 228 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  33.96 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.47 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.25 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  27.19 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  28.71 
 
 		 201 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_007760  Adeh_2875  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 204 aa  72  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  27 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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