More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2432 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 208 aa  185  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 192 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 210 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 208 aa  99.4  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  36.14 
 
 		 209 aa  98.6  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 205 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 208 aa  97.8  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 216 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.84 
 
 		 209 aa  95.5  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 216 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  32.87 
 
 		 208 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  31.37 
 
 		 226 aa  95.1  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 211 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 214 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  35.1 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 207 aa  92.8  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  27.72 
 
 		 201 aa  93.2  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 213 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 210 aa  92  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 206 aa  91.7  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 213 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  32.67 
 
 		 250 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 214 aa  91.3  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 206 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  89.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 213 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 		 210 aa  89  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 207 aa  88.2  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 207 aa  88.2  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 215 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.69 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 237 aa  85.9  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.09 
 
 		 212 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.47 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  33.93 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00480  transcriptional regulator TetR/acrR family  37.12 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.84 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.71 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5326  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256565  normal  1 
 
 
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