More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2341 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 203 aa  258  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 207 aa  254  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  55.17 
 
 		 226 aa  246  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 206 aa  244  8e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  56.59 
 
 		 206 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 205 aa  238  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 209 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 210 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  59.18 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 216 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  56.68 
 
 		 188 aa  223  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 216 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 216 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  52.2 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 213 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 226 aa  104  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 213 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  33.52 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 222 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 208 aa  99.8  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 257 aa  99  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 237 aa  99.4  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 209 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 228 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 207 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 207 aa  95.1  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 216 aa  94  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 228 aa  88.2  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 208 aa  87.8  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 215 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 259 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 225 aa  85.5  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  30.39 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  24.38 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.27 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  32.87 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.9 
 
 		 230 aa  78.2  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 226 aa  78.2  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 208 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 226 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 208 aa  74.7  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  27.69 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 214 aa  72  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 216 aa  72  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  31.5 
 
 		 220 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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