More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3451 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 207 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 207 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  59.69 
 
 		 207 aa  225  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  52.5 
 
 		 207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 214 aa  187  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  127  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 208 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  38.14 
 
 		 220 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 259 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 220 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 221 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 231 aa  111  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 209 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 251 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 215 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 210 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  33.5 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  35.68 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 207 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 207 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 212 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 202 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 207 aa  99  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 226 aa  98.2  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 211 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 257 aa  98.2  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 214 aa  97.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 212 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 226 aa  96.3  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 208 aa  95.9  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 206 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 226 aa  95.1  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  95.1  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 206 aa  94.7  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 207 aa  94.4  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 206 aa  94  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 209 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 211 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 211 aa  93.2  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 208 aa  92.4  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 225 aa  91.7  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 208 aa  90.9  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  30.64 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  31.5 
 
 		 207 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 208 aa  88.2  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 213 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 213 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 188 aa  86.3  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 211 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 220 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 224 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 200 aa  85.1  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  31.66 
 
 		 205 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 203 aa  85.1  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.61 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  30.57 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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