More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01892 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  100 
 
 
207 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
200 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  40.89 
 
 
207 aa  130  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  38.5 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  35.64 
 
 
207 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  35.18 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 
204 aa  114  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 
210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  39.33 
 
 
219 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
251 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
213 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  38 
 
 
220 aa  105  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  33.17 
 
 
250 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 
220 aa  104  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
210 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  35.38 
 
 
207 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 
220 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
225 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
244 aa  98.6  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
202 aa  98.2  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
210 aa  97.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
231 aa  95.9  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
216 aa  94.4  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 
221 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
214 aa  94  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
225 aa  92.8  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
247 aa  92  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
247 aa  92  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
210 aa  92  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  30.2 
 
 
251 aa  90.5  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 
222 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 
237 aa  89.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 
216 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
209 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 
208 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
207 aa  89.4  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  33.33 
 
 
209 aa  89.4  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 
226 aa  89  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
218 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 
208 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
216 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 
226 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 
217 aa  87  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  28.43 
 
 
217 aa  85.9  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 
214 aa  85.5  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 
218 aa  85.5  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
220 aa  84.7  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
208 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
208 aa  84.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 
208 aa  81.3  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
216 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  29.2 
 
 
213 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 
226 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 
212 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.63 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  29.88 
 
 
209 aa  79.3  0.00000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 
220 aa  79  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 
213 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 
230 aa  78.2  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
213 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
210 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
192 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
213 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
213 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  27.78 
 
 
205 aa  77.4  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
214 aa  76.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  26.87 
 
 
207 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 
211 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
218 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  32.51 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  28.57 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
207 aa  72  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
210 aa  71.6  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
192 aa  71.2  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
202 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
212 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.554096 
 
 
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NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
202 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
217 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
210 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  28.35 
 
 
211 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
227 aa  67  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
204 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
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