More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1553 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 234 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  60.5 
 
 		 210 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  60 
 
 		 251 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  38.5 
 
 		 207 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  37.81 
 
 		 207 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  37.07 
 
 		 205 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 200 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  36.92 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 212 aa  108  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  37.87 
 
 		 204 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  28.77 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  37 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 202 aa  99  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 207 aa  98.2  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 234 aa  98.2  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.83 
 
 		 212 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 218 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 208 aa  96.7  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  36.02 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 212 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 217 aa  95.5  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 214 aa  92  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 207 aa  85.9  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 213 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 209 aa  85.1  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 208 aa  84.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  29.44 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 205 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 210 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.69 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 209 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  30.5 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.74 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  31.12 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
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NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  30.65 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
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NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 217 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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