More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5954 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 219 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  42.5 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 202 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  39.33 
 
 		 207 aa  109  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 208 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 217 aa  98.2  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 222 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 204 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 251 aa  92.8  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 224 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 259 aa  93.2  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  37.93 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 		 218 aa  92.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  32.78 
 
 		 220 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 212 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 211 aa  92  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 211 aa  92  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 		 212 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 214 aa  91.7  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 		 213 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 218 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 192 aa  88.2  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 212 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  29.11 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 210 aa  86.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 225 aa  85.9  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 210 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 207 aa  85.5  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 221 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 207 aa  85.1  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.44 
 
 		 230 aa  84.7  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  32.76 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.35 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.23 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  29.07 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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