More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003358 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  522  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  39.7 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 208 aa  106  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 200 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 219 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 224 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 208 aa  99  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  29.53 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 202 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 210 aa  95.9  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 226 aa  95.1  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.05 
 
 		 219 aa  92.8  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  30.2 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 225 aa  88.6  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 208 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 222 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 214 aa  86.3  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 216 aa  86.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 		 207 aa  85.9  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 228 aa  85.5  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 213 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.5 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  25.74 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  23.12 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  27.32 
 
 		 205 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  35.71 
 
 		 145 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  25.12 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  27.65 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  28.4 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 210 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  72  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  23.32 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  26.47 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  28.15 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  26.42 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  29.85 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  26.15 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  28.06 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  26.67 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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