More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0542 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  54.59 
 
 		 211 aa  208  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 218 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 216 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  95.5  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 218 aa  95.5  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 204 aa  94  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 202 aa  90.9  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 212 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 220 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.73 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 		 220 aa  81.3  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  32.64 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.47 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  37.42 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 540 aa  75.5  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.17 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 226 aa  72  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 203 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  28.5 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.09 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 215 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  29.83 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.04 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 225 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
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NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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