More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1187 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  71.63 
 
 		 215 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 257 aa  222  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  34.15 
 
 		 209 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 213 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  33.16 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 217 aa  105  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 210 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  35.12 
 
 		 212 aa  104  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 211 aa  104  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  36.06 
 
 		 226 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  33.02 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  33.02 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 207 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 208 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 206 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 207 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 220 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 214 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 206 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 218 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 206 aa  92  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  36.74 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.2 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 244 aa  89  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 214 aa  89.4  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.5 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 209 aa  88.6  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 208 aa  88.2  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 208 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 206 aa  85.5  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 208 aa  85.1  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 220 aa  84.7  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 188 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 211 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  34.66 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.59 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.4 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  35.43 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  26.97 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  30.39 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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