More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3416 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 226 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  96.02 
 
 		 226 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  55.39 
 
 		 230 aa  237  9e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 231 aa  228  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 244 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 234 aa  157  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 213 aa  152  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 225 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 218 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 210 aa  134  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  37.09 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 221 aa  131  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  39.49 
 
 		 220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  38.28 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 207 aa  108  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 214 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 207 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 207 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 208 aa  99.8  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 212 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 209 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 216 aa  95.1  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  34.6 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 215 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 211 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 200 aa  91.7  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 198 aa  86.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 259 aa  86.3  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  28.92 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 208 aa  81.3  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  30.57 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 208 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28.35 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 188 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  32.32 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 206 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.41 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 211 aa  72  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  24.35 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 226 aa  71.6  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.08 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  28.48 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>