More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02619 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  100 
 
 
217 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  60.09 
 
 
226 aa  246  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
213 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  43.56 
 
 
209 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  45.32 
 
 
213 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  42.38 
 
 
211 aa  168  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  42.33 
 
 
212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
212 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
208 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  33.16 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
208 aa  115  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
234 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 
237 aa  108  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
210 aa  108  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
257 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  35.61 
 
 
215 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
209 aa  105  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
244 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
228 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
221 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
247 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
247 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
207 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
207 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  34.17 
 
 
230 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
210 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32.98 
 
 
207 aa  99.8  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 
216 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
209 aa  99.4  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 
210 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
225 aa  98.6  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
210 aa  98.2  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
207 aa  97.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  29.53 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
216 aa  97.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
206 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
206 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 
215 aa  96.3  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
210 aa  96.3  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
220 aa  95.5  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
207 aa  95.5  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 
208 aa  95.5  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
207 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
216 aa  95.1  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
210 aa  95.1  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
210 aa  95.1  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
259 aa  94.7  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
216 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
218 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
188 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
205 aa  93.2  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
230 aa  93.2  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 
226 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 
226 aa  91.3  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 
208 aa  90.9  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
219 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
206 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  34.9 
 
 
208 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
206 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
213 aa  89.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
202 aa  89.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
216 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 
226 aa  89  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
203 aa  89  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
226 aa  88.6  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
216 aa  88.6  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26 
 
 
201 aa  88.6  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
212 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
214 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  29.35 
 
 
205 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
209 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 
207 aa  86.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
210 aa  86.3  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
218 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  30.73 
 
 
234 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  29.02 
 
 
226 aa  86.3  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
216 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
208 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  28.43 
 
 
207 aa  85.9  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 
221 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 
223 aa  85.5  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
211 aa  85.5  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  28.64 
 
 
220 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
198 aa  84  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
202 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 
220 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
210 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.95 
 
 
209 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1141  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
219 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 
217 aa  82.4  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.133053 
 
 
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NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
210 aa  82  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
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