More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6189 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  430  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 218 aa  274  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  61.14 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  66.15 
 
 		 216 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 216 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 213 aa  175  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 234 aa  168  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  44.71 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  45.81 
 
 		 220 aa  159  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  45.81 
 
 		 220 aa  158  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 210 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  45.64 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 231 aa  131  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 244 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 208 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  37 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  34 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 207 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 207 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 211 aa  105  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 207 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 209 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  34.72 
 
 		 207 aa  97.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 217 aa  96.3  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 257 aa  95.5  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 220 aa  95.1  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 208 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 208 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 203 aa  92  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 203 aa  91.7  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.65 
 
 		 219 aa  90.5  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 217 aa  90.1  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 203 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 214 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 211 aa  88.6  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 200 aa  87.8  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  32.83 
 
 		 224 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.98 
 
 		 250 aa  85.1  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 203 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  30.5 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 236 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 198 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  31.63 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  34.1 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  29.81 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.61 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 211 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
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