More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1346 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  46.94 
 
 		 198 aa  181  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  39 
 
 		 202 aa  138  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  31.16 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
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NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  32.83 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 203 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 203 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 203 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
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NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 203 aa  101  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 203 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 201 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  97.4  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  31.12 
 
 		 205 aa  97.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 207 aa  97.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 204 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 204 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
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NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
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NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 212 aa  85.9  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
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NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 212 aa  85.5  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 217 aa  85.1  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
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NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.55 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  27.41 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 		 238 aa  64.7  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  27.14 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  25.64 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  46.55 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  46.55 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  28.99 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1120  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30610  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4577  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.957651 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  33.61 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  27.44 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 237 aa  55.1  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  45.28 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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