More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0035 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
202 aa  418  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  35.86 
 
 
198 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  39 
 
 
209 aa  138  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 
202 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
203 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  32.02 
 
 
204 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
203 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
203 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
204 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
203 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
201 aa  101  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
195 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
211 aa  99  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
210 aa  98.6  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 
204 aa  97.8  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
203 aa  97.8  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  31.12 
 
 
200 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
217 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
217 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
217 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
217 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
202 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 
198 aa  88.2  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
207 aa  87.8  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
212 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
212 aa  84.7  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  26.26 
 
 
204 aa  84.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  26.9 
 
 
205 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
231 aa  74.7  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  24.61 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
208 aa  72.4  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 
207 aa  72  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
210 aa  71.2  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.61 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
208 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
216 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  22.89 
 
 
220 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  22.92 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
218 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
221 aa  66.2  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  22.06 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
216 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
209 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  22.39 
 
 
220 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  22.92 
 
 
220 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
228 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  23.44 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 
212 aa  62.4  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  21.57 
 
 
207 aa  62  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  21.57 
 
 
207 aa  62  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
234 aa  62  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
202 aa  62  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 
218 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 
226 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  24.1 
 
 
223 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
247 aa  60.1  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 
207 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  23.98 
 
 
217 aa  60.1  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
247 aa  60.1  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 
237 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
259 aa  58.2  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 
191 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  25.89 
 
 
225 aa  58.2  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  23.59 
 
 
208 aa  58.2  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  21.58 
 
 
209 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
210 aa  57.4  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
205 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 
213 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00480  transcriptional regulator TetR/acrR family  27.01 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.5 
 
 
230 aa  57  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
219 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
217 aa  56.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 
226 aa  56.6  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 
211 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 
212 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 
211 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  22.61 
 
 
211 aa  55.5  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
236 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal 
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 
257 aa  55.5  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.933804 
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
289 aa  55.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal 
 
 
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NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 
204 aa  55.5  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 
236 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_014158  Tpau_2354  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 
184 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371839  n/a   
 
 
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