More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0716 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  70.59 
 
 		 238 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  66.49 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  64.48 
 
 		 243 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  62.03 
 
 		 246 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 224 aa  161  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
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NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
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NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 		 217 aa  151  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  45.5 
 
 		 218 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 209 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  34.72 
 
 		 213 aa  124  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 209 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  38.19 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 230 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 206 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 247 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 255 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 214 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
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NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 273 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 266 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 232 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
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NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  37.19 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
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NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  35.64 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 228 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 242 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
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NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  38.65 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 220 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
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NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 210 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 210 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
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NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 231 aa  99.8  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 204 aa  97.4  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
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NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 226 aa  95.9  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
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NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 243 aa  95.5  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 214 aa  95.5  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  84.7  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  30.65 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  28.93 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 209 aa  74.7  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  37.01 
 
 		 215 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 202 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 214 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 214 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  27.71 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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