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for query gene Plav_2292 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  428  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 204 aa  189  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 214 aa  88.6  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 222 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.26 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  33.74 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 228 aa  72  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  28.28 
 
 		 250 aa  71.6  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.3 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  27.5 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  28.79 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.38 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  26.5 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  29 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  28.92 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
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NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 221 aa  62  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  28.57 
 
 		 264 aa  61.6  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 257 aa  61.6  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  31.58 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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